我们可以在组织商店使用组织徽章或者组织功勋来兑换许多资源。组织徽章我们可以通过在每周六的要塞争夺战力，通过打下要塞来给我方组织获得宝箱，我们开启宝箱会得到银色的组织徽章。金色的组织徽章需要参与跨服的要塞争夺战，开启参与宝箱来获得。不过不是所有组织都有资格跨服的。我们打组织首领可以获得普通宝箱，每天只能获得5个。开启这些宝箱也是有概率得到金色或者银色的组织徽章的。组织功勋则需要玩家组队祈福或者参与迎击叛忍以及小队突袭等任务获得。
组织商店最优先换的是轮回石。轮回石可以洗练神器的属性，从而提升我们的战力的。在前期，铜币和忍玉也是优先兑换的。铜币是玩家升级天赋所必须的货币，忍玉则可以兑换忍者碎片以及忍者的培养丹，从而大大提升我们忍者的属性。功勋兑换里的忍者碎片都是十分一般的忍者，而且一个碎片需要将近三千的功勋，而我们一天只能获得一千左右的功勋，性价比很低。徽章兑换里面，我们可以先用金徽章兑换出仙人自来也，换出仙人自来也后就不需要再购买碎片来兑换了。之后我们把徽章留去换纲手，直到把纲手换到五星后，在用徽章换其他的东西。在游戏里第一个五星s是会加几十万战力的，后面加的战力都没第一次多。
徽章兑换里除了仙人自来也和纲手外，其他忍者碎片都没必要兑换，剩下的徽章我们可以去换自己喜欢的皮肤。
